Lambang Institut terdiri atas unsur yang memiliki pengertian:
a. Persegi lima mengitari bola dunia mengilustrasikan sumber tata nilai Pancasila dan Rukun Islam yang dijadikan pedoman utama mengembangkan ilmu, teknologi, dan seni dalam kultur akademik serta sendi kehidupan dalam berbangsa dan bernegara, terdiri atas:
- Persegi lima yang menonjol ke luar merupakan butiran nilai Pancasila, yang dijadikan landasan nilai tridhama perguruan tinggi pada Institut; dan
- Persegi lima yang menonjol ke dalam sebagai sistem tata nilai Rukun Islam yang dijadikan pondasi budaya kerja Sivitas Akademika;
b. Padi dan kapas menandakan kepedulian social tanpa ada kesenjangan antara sesame Sivitas Akademika;
c. Bintang merupakan komitmen keilmuan yang tinggi dalam mewujudkan cita-cita Sivitas Akademika;
d. Lambing pita yang mencantumkan Institut Agama Islam Negeri Fattahul Muluk memiliki arti Bhineka Tunggal Ika dan kesatuan bangsa;
e. Tifa memiliki arti penguatan program berbasis adat, budaya lokal, dengan polarisasi system kearifan local;
f. Gunung merupakan kekayaan alam yang dilestarikan sebagai komoditi lokal dalam masyarakat majemuk;
g. Tiga buah gunung yang berjejer memiliki artikulasi Iman, Islam, dan Ihsan dalam pengembangan model integrase keilmuan;
h. Buku yang terbuka sebagai sumber keilmuan dalam literasi lokal, nasional, dan internasional yang dijadikan penguatan mutu akademik; dan
i. Bola dengan gugusan pola di Indonesia menggambarkan keterbukaan cara pikir dan cara pandang setiap Sivitas Akademika terhadap budaya nusantara yang dijaga dan dipelihara.
Unsur lambing Institut terdiri atas warna yang memiliki pengertian:
a. Garis berwarna hijau (kode gradasi #568203) melingkari lambing, berbentuk persegi, melambangkan kesetiaan terhadap nusa, bangsa, dan agama, serta manandakan nilai Islam rahmatan lil ‘alamiin menjadi tujuan;
b. Warna kuning (kode gradasi #FFFF00), putih (kode gradasi #FFFFFF), dan hijau (kode gradasi #568203) pada padi dan kapas memiliki artikulasi, sikap, dan pola interaksi humanis yang berorientasi pada kepedulian sesame dalam penguatan kompetensi akademi dan manajemen;
c. Warna hitam pada bintang (kode gradasi #000000), merupakan pola ilmiah pokok yang dilandasi oleh nilai Ketuhanan Yang Maha Esa, dalam meraih cita-cita sebagai lembaga yang mampu mengedepankan kepentingan umum diatas kepentingan pribadi dan golongan;
d. Warna putih pada pita (kode gradasi #FFFFFF) dengan tulisan IAIN Fattahul Muluk Papua berwarna hitam (kode gradasi #000000), menunjukan akulturasi nilai agama dan budaya yang harus dijunjung tinggi oleh Sivitas Akademika secara internal maupun secara eksternal;
e. Warna cokelat (kode gradasi #8B4513) pada tifa dengan hiasan merah (kode gradasi #c0392b) dan emas (kode gradasi #FFD700), mengilustrasikan kemajemukan etnis dalam penguatan integritas akademik serta perluasan akses pendidikan tanpa pengecualian dan terbuka untuk diakses oleh public;
f. Tiga buah gunung berwarna emas (kode gradasi #FFD700) mengilustrasikan integrasi ilmu dengan filosofi pasak gunung diibaratkan sumber nilai yang kokoh, bahu gunung menampilkan dinamika keilmuan Islam rahmatan lil ‘alamin, dan pucuk gunung sebagai nilai keunggulan universal yng ditampilkan dalam masyarakat multikultur;
g. Warna putih (kode gradasi #FFFFFF) pada buku yang terbuka dengan corak hitam (kode gradasi #000000) merupakan komitmen keilmuan yang bersumber dari literasi lokal, nasional maupun internasional, guna penguatan mutu kompetensi akademik;
h. Warna merah (kode gradasi #FF0000) dan warna putih (kode gradasi #FFFFFF) yang mengitari bola dunia merupakan manifestasi dari paradigma akademik yakni “berfikir global dan bertindak local” dengan tidak meninggalkan kultur budaya bangsa dan menggambarkan nilai prinsip kesatuan bangsa di wilayah perbatasan Negara Kesatuan Republik Indonesia; dan
i. Makna lambing secara keseluruhan, “nilai Islam rahmatan lil’alamiin dengan corak lambang padi, kapas, bintang, tifa, bola dunia, dan persegi hijau mengitari lambang, sebagai tekad secara keseluruhan Institut dalam pengembangan kajian yang dinamis, inovatif berwawasan multikultur, moderat secara global dengan prinsip “ berpikir global, bertindak lokal (think globally, act locally)”.