Tenaga Akademik pada perguruan tinggi adalah dosen. Tenaga dosen pada IAIN Fattahul Muluk Papua terdiri dari dosen tetap dan dosen tidak tetap. Jumlah dosen tetap adalah orang dan dosen tidak tetap adalah orang, dengan rincian sebagai berikut :
Dosen PNS Menurut Kualifikasi Pendidikan
| No | Fakultas | S-1 | S-2 | S-3 | Jumlah |
| 1. | Tarbiyah | ||||
| 2. | Ekonomi dan Bisnis Islam | ||||
| 3. | Syariah | ||||
| Jumlah |
Dosen NON PNS Menurut Jenjang Pendidikan
| No | Fakultas | S-1 | S-2 | S-3 | Jumlah |
| 1. | Tarbiyah | ||||
| 2. | Ekonomi dan Bisnis Islam | ||||
| 3. | Syariah | ||||
| Jumlah |