- Perjanjian Kerja Sama dengan Kantor Perwakilan BI Provinsi Papua
- Nota Kesepahaman dengan Universitas Cenderawasih
- Nota Kesepahaman dengan Pemerintah Kabupaten Jember
- Nota Kesepahaman dengan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Tulungagung
- Nota Kesepahaman dengan Universitas Islam Negeri Sunan Ampel Surabaya
- Nota Kesepahaman Program Pascasarjana IAIN Fattahul Muluk Papua dengan Program Pascasarjana IAIN Sorong
- Perjanjian Kerja Sama Antara Pengadilan Agama Sentandi dengan Lembaga Konsultasi Bantuan Hukum Islam IAIN Fattahul Muluk Papua
- Nota Kesepahaman Antara Sekolah Pascasarjana Universitas Airlangga Surabaya dengan Pascasarjana IAIN Fattahul Muluk Papua
- Nota Kesepahaman Bersama Peningkatan Pendidikan dan Pengabdian Pada Masyarakat Antara Yayasan Darus Sunnah dengan IAIN Fattahul Muluk Papua
- Perjanjian Kerjasama Antara Yayasan Baitul Maal PLN dengan IAIN Fattahul Muluk Papua
- Nota Kesepahaman dengan Institut Teknologi Sepuluh Nopember
- MoU Antara IAIN Fattahul Muluk Papua dengan IAIN Ambon
- MoA Antara IAIN Fattahul Muluk Papua dengan IAIN Ambon
- Perjanjian Kerjasama Antara Program Pascasarjana IAIN Fattahul Muluk Papua dengan Pengadilan Tinggi Agama Jayapura
- Perjanjian Kerjasama Antara IAIN Fattahul Muluk Papua dengan Pengadilan Tinggi Agama Jayapura
- MoU Antara IAIN Fattahul Muluk Papua dengan UIN Alauddin Makassar
- MoU Antara IAIN Fattahul Muluk Papua dengan Kantor Kementerian Agama Kabupaten Merauke
- Nota Kerjasama Antara Fakultas Syariah IAIN Fattahul Muluk Papua dengan Fakultas Syariah IAIN Ponorogo
- MoU Antara IAIN Fattahul Muluk Papua dengan Universitas Islam Negeri Sultan Aji Muhammad Idris Samarinda
- MoU Antara IAIN Fattahul Muluk Papua dengan Universitas Islam Negeri Sunan Gunung Djati Bandung
- MoU Antara IAIN Fattahul Muluk Papua dengan Universitas Islam Negeri Walisongo Semarang